ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2540 คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีสถานะเป็นองค์กรอิสระ บัญญัติให้คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีอำนาจหน้าที่ตามมาตรา 200 ดังนี้
(1) ตรวจสอบและรายงานการกระทำหรือการละเลยการกระทำอันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชน หรืออันไม่เป็นไปตามพันธกรณีระหว่างประเทศเกี่ยวกับสิทธิมนุษยชนที่ประเทศไทยเป็นภาคี และเสนอมาตรการการแก้ไขที่เหมาะสมต่อบุคคล หรือหน่วยงานที่กระทำหรือละเลยการกระทำดังกล่าวเพื่อดำเนินการ ในกรณีที่ปรากฏว่าไม่มีการดำเนินการตามที่เสนอให้รายงานต่อรัฐสภาเพื่อดำเนินต่อไป
(2) เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย กฎ หรือข้อบังคับ ต่อรัฐสภาและคณะรัฐมนตรีเพื่อส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(3) ส่งเสริมการศึกษาการวิจัยและการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน
(4) ส่งเสริมความร่วมมือและการประสานงานระหว่างหน่วยราชการ องค์การเอกชน และองค์การอื่นในด้านสิทธิมนุษยชน
(5) จัดทำรายงานประจำปีเพื่อประเมินสถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชนภายในประเทศและเสนอต่อรัฐสภา
(6) อำนาจหน้าที่อื่นตามที่กฎหมายบัญญัติ
ตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีสถานะเป็น “องค์กรอื่นตามรัฐธรรมนูญ” และมีอำนาจหน้าที่ตามมาตรา 257 ดังนี้
(1) ตรวจสอบและรายงานการกระทำหรือการละเลยการกระทำอันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชน หรือไม่เป็นไปตามพันธกรณีระหว่างประเทศเกี่ยวกับสิทธิมนุษยชนที่ประเทศไทยเป็นภาคีและเสนอมาตรการการแก้ไขที่เหมาะสมต่อบุคคลหรือหน่วยงานที่กระทำหรือละเลยการกระทำดังกล่าวเพื่อดำเนินการ ในกรณีที่ปรากฏว่าไม่มีการดำเนินการตามที่เสนอให้รายงานต่อรัฐสภาเพื่อดำเนินการต่อไป
(2) เสนอเรื่องพร้อมด้วยความเห็นต่อศาลรัฐธรรมนูญ ในกรณีที่เห็นชอบตามที่มีผู้ร้องเรียนว่าบทบัญญัติแห่งกฎหมายใดกระทบต่อสิทธิมนุษยชนและมีปัญหาเกี่ยวกับความชอบด้วยรัฐธรรมนูญ ทั้งนี้ ตามพระราชบัญญัติประกอบรัฐธรรมนูญว่าด้วยวิธีพิจารณาของศาลรัฐธรรมนูญ
(3) การเสนอเรื่องพร้อมด้วยความเห็นต่อศาลปกครอง ในกรณีที่เห็นชอบตามที่มีผู้ร้องเรียนว่ากฎ คำสั่ง หรือการกระทำอื่นใดในทางปกครองกระทบต่อสิทธิมนุษยชนและมีปัญหาที่เกี่ยวกับความชอบด้วยรัฐธรรมนูญหรือกฎหมาย ทั้งนี้ ตามพระราชบัญญัติจัดตั้งศาลปกครองและวิธีพิจารณาคดีปกครอง
(4) การฟ้องคดีต่อศาลยุติธรรมแทนผู้เสียหาย เมื่อได้รับการร้องขอจากผู้เสียหายและ เป็นกรณีที่เห็นสมควรเพื่อแก้ไขปัญหาการละเมิดสิทธิมนุษยชนเป็นส่วนรวม ทั้งนี้ ตามที่กฎหมายบัญญัติ
(5) เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย และกฎต่อรัฐสภาหรือคณะรัฐมนตรี เพื่อส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(6) ส่งเสริมการศึกษา การวิจัย และการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน
(7) ส่งเสริมความร่วมมือและการประสานงานระหว่างหน่วยราชการ องค์การเอกชน และองค์การอื่นในด้านสิทธิมนุษยชน
(8) จัดทำรายงานประจำปีเพื่อประเมินสถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชนภายในประเทศ และเสนอต่อรัฐสภา
(9) อำนาจหน้าที่อื่นตามที่กฎหมายบัญญัติ
ต่อมาคณะรักษาความสงบแห่งชาติ ได้มีประกาศฉบับที่ 11/2557 ลงวันที่ 22 พฤษภาคม 2557 เรื่อง การสิ้นสุดของรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย กำหนดให้รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 สิ้นสุดลง ยกเว้นหมวด 2 และให้องค์กรอิสระและองค์กรอื่นตามรัฐธรรมนูญ พุทธศักราช 2550 ยังคงปฏิบัติหน้าที่ต่อไป ด้วยเหตุดังกล่าวอำนาจหน้าที่ในการเสนอเรื่องและความเห็นต่อศาลรัฐธรรมนูญ และศาลปกครอง และการฟ้องคดีต่อศาลยุติธรรมแทนผู้เสียหายจึงสิ้นสุดลงตามรัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2550 คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติจึงมีอำนาจหน้าที่ตามมาตรา 15 ของพระราชบัญญัติคณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติ พ.ศ. 2542 ดังนี้
(1) ส่งเสริมการเคารพและการปฏิบัติตามหลักสิทธิมนุษยชนทั้งในระดับประเทศและระหว่างประเทศ
(2) ตรวจสอบและรายงานการกระทำหรือการละเลยการกระทำอันเป็นการละเมิดสิทธิมนุษยชน หรืออันไม่เป็นตามพันธกรณีระหว่างประเทศเกี่ยวกับสิทธิมนุษยชนที่ประเทศไทยเป็นภาคี และเสนอมาตรการการแก้ไขที่เหมาะสมต่อบุคคล หรือหน่วยงานที่กระทำ หรือละเลยการกระทำดังกล่าว เพื่อดำเนินการในกรณีที่ปรากฏว่าไม่มีการดำเนินการตามที่เสนอให้รายงานต่อรัฐสภาเพื่อดำเนินการต่อไป
(3) เสนอแนะนโยบายและข้อเสนอในการปรับปรุงกฎหมาย กฎ หรือข้อบังคับต่อรัฐสภา และคณะรัฐมนตรีเพื่อส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(4) ส่งเสริมการศึกษา การวิจัย และการเผยแพร่ความรู้ด้านสิทธิมนุษยชน
(5) ส่งเสริมความร่วมมือและการประสานงานระหว่างหน่วยราชการ องค์การเอกชน และองค์การอื่นใดในด้านสิทธิมนุษยชน
(6) จัดทำรายงานประจำปี เพื่อประเมินสถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชนภายในประเทศเสนอต่อรัฐสภาและคณะรัฐมนตรี และเปิดเผยต่อสาธารณชน
(7) ประเมินผลและจัดทำรายงานผลการปฏิบัติงานประจำปีเสนอต่อรัฐสภา
(8) เสนอความเห็นต่อคณะรัฐมนตรีและรัฐสภาในกรณีที่ประเทศไทยจะเข้าไปเป็นภาคีสนธิสัญญาเกี่ยวกับการส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชน
(9) แต่งตั้งอนุกรรมการเพื่อปฏิบัติงานตามที่คณะกรรมการมอบหมาย
(10) ปฏิบัติการอื่นใดตามที่กำหนดไว้ในพระราชบัญญัตินี้หรือกฎหมายอื่นซึ่งกำหนดให้เป็นอำนาจหน้าที่ของคณะกรรมการ
รัฐธรรมนูญแห่งราชอาณาจักรไทย พุทธศักราช 2560 คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีสถานะเป็นองค์กรอิสระตามรัฐธรรมนูญ และมาตรา 247 บัญญัติให้คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติมีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้ (1) ตรวจสอบและรายงานข้อเท็จจริงที่ถูกต้องเกี่ยวกับการละเมิดสิทธิมนุษยชนทุกกรณีโดยไม่ล่าช้า และเสนอแนะมาตรการหรือแนวทางที่เหมาะสมในการป้องกันหรือแก้ไขการละเมิดสิทธิมนุษยชน รวมทั้งการเยียวยาผู้ได้รับความเสียหายจากการละเมิดสิทธิมนุษยชนต่อหน่วยงานของรัฐหรือเอกชนที่เกี่ยวข้อง
(2) จัดทำรายงานผลการประเมินสถานการณ์ด้านสิทธิมนุษยชนของประเทศเสนอต่อรัฐสภาและคณะรัฐมนตรี และเผยแพร่ต่อประชาชน
(3) เสนอแนะมาตรการหรือแนวทางในการส่งเสริมและคุ้มครองสิทธิมนุษยชนต่อรัฐสภา คณะรัฐมนตรี และหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง รวมตลอดทั้งการแก้ไขปรับปรุงกฎหมาย กฎ ระเบียบ หรือคำสั่งใด ๆ เพื่อให้สอดคล้องกับหลักสิทธิมนุษยชน
(4) ชี้แจงและรายงานข้อเท็จจริงที่ถูกต้องโดยไม่ชักช้าในกรณีที่มีการรายงานสถานการณ์เกี่ยวกับสิทธิมนุษยชนในประเทศไทยโดยไม่ถูกต้องหรือไม่เป็นธรรม
(5) สร้างเสริมทุกภาคส่วนของสังคมให้ตระหนักถึงความสำคัญของสิทธิมนุษยชน
(6) หน้าที่และอำนาจอื่นตามที่กฎหมายบัญญัติ
เมื่อรับทราบรายงานตาม (1) และ (2) หรือข้อเสนอแนะตาม (3) ให้คณะรัฐมนตรีดำเนินการปรับปรุงแก้ไขตามความเหมาะสมโดยเร็ว กรณีใดไม่อาจดำเนินการได้หรือต้องใช้เวลาในการดำเนินการ ให้แจ้งเหตุผลให้คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติทราบโดยไม่ชักช้า
ในการปฏิบัติหน้าที่ คณะกรรมการสิทธิมนุษยชนแห่งชาติต้องคำนึงถึงความผาสุกของประชาชนชาวไทยและผลประโยชน์ส่วนรวมของชาติเป็นสำคัญด้วย