ในระยะแรกพระองค์ประทับในพระราชวังเดิมไปพลางก่อนเป็นการชั่วคราว หลังจากนั้นจึงได้ทรงย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีข้ามไปอยู่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา อันเป็นที่ตั้งของพระบรมมหาราชวังในปัจจุบัน พระองค์โปรดเกล้าฯ ให้สร้างรั้วไม้แทนกำแพงและสร้างพลับพลาไม้ชั่วคราวเพื่อทรงประกอบพระราชพิธีบรมราชาภิเษกขึ้นเป็นปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี ทรงพระนามว่า พระบาทสมเด็จบรมราชาธิราชรามาธิบดี(ในสมัยรัชกาลที่ 3 ทรงถวายพระนามว่า พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช)
ต่อมาเมื่อมีการก่อสร้างพระบรมราชวังและราชธานีแห่งใหม่แล้วเสร็จ ในปีพ.ศ. 2539 พระองค์โปรดเกล้าฯ ให้มีการสมโภชพระนครและกระทำพระบรมราชาภิเษกขึ้นอีกครั้ง และได้ทรงพระราชทานนามพระนครว่า “กรุงเทพมหานครบวรรัตนโกสินทร์มหินทรายุธยามหาดิลกภพนพรัตนราชธานีบุรีรมย์ อุดมราชนิเวศน์สถาน อมรพิมานอวตารสถิต สักกทัตติยวิษณุกรรมประสิทธิ์”(ต่อมาในแผ่นดินพระบาทสมเด็จพระจอมเกล้าเจ้าอยู่หัว รัชกาลที่ 4 ทรงเปลี่ยนสร้อยที่ว่า บวรรัตนโกสินทร์ เป็น อมรรัตนโกสินทร์ นอกนั้นคงไว้ตามเดิม)
พระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชทรงย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีข้ามไปอยู่ยังฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา สืบเนื่องมาจากทรงมีพระราชดำริว่าบริเวณที่ตั้งกรุงธนบุรีถึงแม้จะเป็นที่ดอน แต่ก็เป็นที่ท้องคุ้ง น้ำเซาะตลิ่งพังอยู่เสมอ ส่วนที่ตั้งของพระราชวังก็มีวัดอรุณราชวราราม(วัดแจ้ง) และวัดโมลีโลกยาราม(วัดท้ายตลาด)ตั้งขนาบอยู่ตั้งสองข้าง ทำให้ไม่สะดวกในการขยายพระราชวัง แต่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาในบริเวณทำเลที่ตั้งราชธานีแห่งใหม่มีแม่น้ำเจ้าพระยาเป็นคูเมืองทั้งด้านตะวันตกและด้านใต้ ถ้าขุดคลองเฉพาะทางด้านเหนือและด้านตะวันออกเท่านั้น ก็สามารถป้องกันพระนครจากการโจมตีของข้าศึกได้ ประกอบกับพื้นที่นอกคูเมืองเดิมเป็นพื้นที่ลุ่มที่เกิดจากการตื้นเขินของทะเล ข้าศึกจะยกทัพมาด้านนี้คงกระทำได้ยาก จึงทรงย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีมาตั้งอยู่ฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยาดังกล่าว
ปัจจัยที่ส่งผลต่อความมั่นคงและความเจริญรุ่งเรือง
ภายหลังการสถาปนากรุงรัตนโกสินทร์แล้ว มีปัจจัยหลายปัจจัยที่ส่งผลต่อความมั่นคงและความเจริญรุ่งเรืองของไทยดังนี้
1. ศูนย์กลางของอาณาจักรมีเส้นทางออกสู่ทะเล ทำให้สะดวกต่อการติดต่อค้าขายกับชาติต่าง ๆ ที่อยู่ห่างไกล
ออกไปและเข้ามาติดต่อค้าขายกับไทยได้ง่าย
2. มีลมมรสุมตะวันออกเฉียงเหนือและตะวันออกเฉียงใต้พัดผ่าน ทำให้มีฝนตกชุก เหมาะแก่การเพาะปลูก
3. มีแม่น้ำหลายสายไหลผ่านออกสู่ทะเลบริเวณอ่าวไทย ได้แก่แม่น้ำเจ้าพระยา แม่น้ำท่าจีน แม่น้ำแม่กลอง และ
แม่น้ำบางปะกง ทำให้เหมาะแก่การเพาะปลูกในพื้นที่บริเวณที่ราบลุ่มแม่น้ำและเป็นประโยชน์แก่การค้าขาย
4. เป็นศูนย์รวมของการขยายตัวทางด้านวัฒนธรรม เพราะในสมัยโบราณอาณาจักรของไทยเป็นจุดพักเรือของ
พ่อค้าจากดินแดนต่าง ๆ ที่เดินทางเข้ามาค้าขายระหว่างดินแดนซีกโลกตะวันตกและซีกโลกตะวันออก นับเป็นประโยชน์ต่อพัฒนาการของอาณาจักรไทยสมัยรัตนโกสินทร์ตั้งแต่ยุคเริ่มต้นของการสถาปนาและส่งผลดีมาจนถึงปัจจุบัน
5. พระปรีชาสามารถของพระมหากษัตริย์ในราชวงศ์จักรี ซึ่งสอดคล้องกับสถานการณ์บ้านเมือง ทั้งในด้านการ
ป้องกันราชอาณาจักร การส่งเสริมความเจริญรุ่งเรืองทางด้านต่าง ๆ ให้เกิดขึ้นกับบ้านเมืองและราษฎรของพระองค์
เหตุผลที่ทรงย้ายราชธานี
เมื่อพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราชขึ้นเสวยราชสมบัติแล้ว ก็โปรดให้ย้ายราชธานีจากกรุงธนบุรีซึ่งตั้งอยู่ฝั่งตะวันตกมาตั้งใหม่ทางฝั่งตะวันออกของแม่น้ำเจ้าพระยา ด้วยเหตุผลที่ทรงย้าย ดังนี้
1) พระราชวังเดิมของกรุงธนบุรีคับแคบ มีวัดขนาบอยู่ทั้งสองด้าน คือ วัดอรุณราชวราราม(วัดแจ้ง)และวัดโมฬีโลกยาราม (วัดท้ายตลาด) จึงยากแก่การขยายพระราชวัง
2) ความไม่เหมาะสมด้านภูมิประเทศ เนื่องจากฝั่งตะวันตกหรือราชธานีเดิมเป็นท้องคุ้งน้ำ อาจถูกน้ำกัดเซาะตลิ่งพังได้ง่าย แต่ฝั่งตะวันออก(กรุงเทพ) เป็นแหลมพื้นดินจะงอกอยู่เรื่อยๆ
3) ความไม่เหมาะสมในการขยายเมืองในอนาคต พื้นที่ฝั่งตะวันออกเป็นที่ราบลุ่มกว้างขวาง สามารถขยายตัวเมืองไปทางเหนือและตะวันออกได้
4) กรุงธนบุรีไม่เหมาะทางด้านทำเลที่ตั้งยุทธศาสตร์ กล่าวคือ มีแม่น้ำเจ้าพระยาผ่ากลางเปรียบเสมือนเมืองอกแตก เมื่อใดข้าศึกยกทัพมาตามลำน้ำก็สามารถตีถึงใจกลางเมืองได้ง่าย
ในการสร้างพระบรมมหาราชวังโปรดเกล้าฯ ให้สร้างขึ้น เป็นที่ประทับของพระมหากษัตริย์ เริ่มขึ้นพร้อมกับการสร้างพระนคร เมื่อ พ.ศ. 2325 การก่อสร้างพระราชวังหลวง สร้างในบริเวณที่เคยเป็นที่อยู่ของชาวจีน ซึ่งโปรดเกล้าฯ ให้ย้ายไปอยู่ที่แห่งใหม่คือที่สำเพ็ง เริ่มดำเนินการในวันที่ 6 พฤษภาคม พ.ศ.2325 หลังพระราชพิธียกหลักเมือง 1 วัน ภายในโปรดเกล้าฯ ให้สร้างพระอารามในพระบรมมหาราชวัง คือวัดพระศรีรัตนศาสดาราม เพื่อเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธมหามณีรัตนปฏิมากร หรือพระแก้วมรกต
เมืองหลวงใหม่ เดิมเรียกว่า “บางกอก” หรือปัจจุบันคือ “กรุงเทพมหานคร” เป็นราชธานีใหม่ของไทย สร้างขึ้นโดยเลียนแบบอยุธยา กำหนดพื้นที่ออกเป็น 3 ส่วนคือ
-บริเวณพระบรมมหาราชวัง ประกอบด้วย วังหลวง วังหน้า วัดพระศรีรัตนศาสดาราม ในพระบรมมหาราชวัง และรวมทั้งทุ่งพระสุเมรุท้องสนามหลวง
-บริเวณที่อยู่อาศัยภายในกำแพงเมือง มีอาณาเขตกำแพงเมือง ประตูเมือง และป้อมปราการสร้างขึ้นตามแนวคลองรอบกรุง ได้แก่ คลองบางลำภู และคลองโอ่งอ่าง